Abandonó el segundo plano de la actualidad en las navidades de 2009. Entonces se daba a conocer que Javier Ferrer Morató, hasta entonces coordinador general del Ayuntamiento de Málaga, ocuparía la gerencia de la fundación encargada de comandar la candidatura local para ser Capital Europea de la Cultura en 2016. Se trataba de la gran apuesta cultural, casi personal, de Francisco de la Torre, que con esta decisión colocaba al frente del proyecto a uno de sus más estrechos colaboradores desde que llegara a la Alcaldía. Ferrer accedió al cargo solo seis meses antes de que expirara el plazo para presentar la candidatura y bajo su gerencia se multiplicaron las actividades que pretendían dar a conocer la iniciativa entre los ciudadanos. Sin embargo, las desavenencias entre Ferrer y el presidente de la fundación, Juan López Cohard, motivaron la dimisión del primero a finales de agosto, apenas dos semanas antes de que el jurado hiciera pública la lista de ciudades finalistas. Málaga quedó apeada de la carrera a las primeras de cambio.
Después de unos meses alejado de los focos, el nombre de Javier Ferrer volvía a la palestra a principios de marzo. El alcalde reiteraba su confianza en él con el anuncio de su nombramiento como gerente del Museo Carmen Thyssen Málaga, la actuación estrella del gobierno municipal que ha supuesto una inversión cercana a los 30 millones de euros. El cargo de Ferrer no estaba incluido en el organigrama inicial de la institución, por lo que la fundación debió modificar sus estatutos en una reunión celebrada quince días antes de la apertura de la pinacoteca. Los responsables del centro explicaron entonces que, con el nuevo reparto de funciones, el museo adoptaba el modelo anglosajón que separa las cuestiones administrativas de las artísticas, cuya dirección mantenía María López.
